Герой в поисках своего предназначения бросит вызов фанатичным последователям и попытается найти древние святилища.
Общую механику игры можно описать, как Souls-like, но в Mortal Shell есть множество отличий. Протагонист на своем пути будет находить тела погибших воинов. С помощью уникального дара он может пробуждать и захватывать их оболочку, изучая таким образом их навыки и движения. Чем больше поверженных тел удастся поднять, тем больше навыков изучит главный герой. Боевая система основана на парированиях и перекатах.
Необходимо досконально изучить тактику каждого противника и научиться пользовать окном для удара или контратаки. Игра сильно наказывает за бездумное закликивание монстров и поощряет тактику и изучение слабых сторон врага. Герой способен изготавливать улучшения, пользоваться различной отравой для оружия с помощью кислоты и обучаться темной магии, имеющую разрушительную силу.