Сюжет будет развиваться на просторах космоса. Вы посетите станцию, лабораторию, подземелья и много других локаций. Вам предстоит уничтожить огромное количество разнообразных противников, расчленяя их в любой плоскости.
Арсенал главного героя представлен разнообразными футуристическими пушками. Враги разлетаются на ошметки, оставляя после себя лужи крови. Герой использует гатлинги, плазменные винтовки, тяжелые гранатометы и т.д. Игровой процесс Prodeus подразумевает близкую конфронтацию с врагами посредством кулаков. Как во многих классических играх, есть две шкалы: брони и здоровья. Чтобы пополнять запас, необходимо подбирать их на локациях. Также протагонисту доступны вспомогательные виды вооружения, типа гранат и мин.
