«Мадагаскар» - обстановка в одном из Нью-Йоркских зоопарков была тихой и спокойной, пока группе неугомонных пингвинов не пришла в голову идея совершить побег. Об этом узнал Марти – зебра из неразлучной четверки друзей. Ему было невыносимо скучно жить в неволе, мечты о дальних путешествиях заставили свободолюбивое животное присоединиться к заговорщикам. Исполнив задуманное, компания беглецов спешит к Центральному вокзалу, намереваясь успеть на ближайший поезд.
Приятели Марти обеспокоены его отсутствием. Льву Алексу, жирафу Мелману и гиппопотамихе Глории не остается ничего другого, как отправиться вслед за сбежавшими. Они вовсе не собирались ввязываться в авантюру, а всего лишь хотели вернуть неразумных собратьев домой. Пока о дерзкой выходке не стало известно смотрителям зоопарка, все еще можно было бы исправить. Но разгуливающие по городу пингвины во главе с полосатой лошадкой не остались незамеченными. Привокзальную площадь оцепили наряды полиции, и обстрелянные снотворным беглецы оказываются в клетке. Туда же попадают добровольные помощники – Алекс, Мелман и Глория.
Этот инцидент привлек внимание общественности, сенсационную новость опубликовали на первых полосах всех местных газет. По настоянию зоозащитников, власти принимают решение перевезти животных в национальный заповедник. Морской лайнер с зарешеченными контейнерами на борту взял курс на Африку. Пингвины, не желающие провести остаток своих дней на жарком континенте, захватывают корабль, чтобы направить его в сторону Антарктики. Из-за сильной качки ящики, в которых были заперты лев, жираф, зебра и гиппопотам, сваливаются в воду. Оказавшись у берегов Мадагаскара, друзья выбираются на волю. Теперь им предстоит ощутить все прелести самостоятельной жизни в условиях дикой природы.
